Estructuró el mundo armónicamente concebido como totalidad en tres estratos fundamentales: la naturaleza el hombre y Dios. Estaba convencido de que cualquier fenómeno del mundo tiene su base objetiva en la unidad del cosmos creado por el Dios perfecto. A partir de la armonía del macrocosmos Comenio dedujo que el hombre, igualmente, debe convertirse en un todo armónico si han de desarrollarse plenamente todas sus potencialidades y habilidades, y no simplemente la razón.