La familia de Comenius pertenecía a la Hermandad, modesta iglesia fundada en 1547 por Rehor (seguidor del movimiento basado en las ideas reformistas del sacerdote y teólogo Jan Hus). Allí se predicaban ideas muy radicales con las que querían llevar a la iglesia a recuperar la sencillez de la primitiva sociedad cristiana, por lo que la Hermandad fue perseguida desde un principio. La iglesia fue prohibida y sus miembros acosados. Muchos de los hermanos murieron martirizados, sin embargo, la Hermandad persistía.  Las lecturas comentadas por su padre le fueron ayudando a desarrollar su pensamiento crítico, y sus ideas sobre la fe en la justicia que tarde o temprano llegaría. Tras morir sus padres y perder sus pertenencias en un terrible incendio huyó en compañía de su tía buscando su porvenir.