Comenio fue profesor y rector en las ciudades de Přerov y Fulnek, en Moravia, hasta el inicio de la guerra de los Treinta Años, cuando el ejército del Sacro Imperio envió a los habitantes de Moravia al exilio. Se estableció en Leszno (Polonia) y como obispo de los moravos ayudó a mantener la unidad de su grupo. En 1638 fue invitado a Suecia para participar en las reformas educativas. El gobierno inglés le hizo una invitación similar, pero en 1641, poco antes del inicio de la Guerra Civil inglesa, se marchó de la isla, volviendo a Suecia, donde trabajó hasta 1648. Después pasó a Polonia, Hungría y Holanda.