La familia de Comenius pertenecía a la Hermandad, modesta iglesia fundada en 1547 por Rehor (seguidor del movimiento basado en las ideas reformistas del sacerdote y teólogo Jan Hus). Allí se predicaban ideas muy radicales con las que querían llevar a la iglesia a recuperar la sencillez de la primitiva sociedad cristiana, por lo que la Hermandad fue perseguida desde un principio. La iglesia fue prohibida y sus miembros acosados. Muchos de los hermanos murieron martirizados, sin embargo, la Hermandad persistía.  Las lecturas comentadas por su padre le fueron ayudando a desarrollar su pensamiento crítico, y sus ideas sobre la fe en la justicia que tarde o temprano llegaría. Tras morir sus padres y perder sus pertenencias en un terrible incendio huyó en compañía de su tía buscando su porvenir.

Comenio finalizado los estudios universitarios con la máxima distinción, y al momento de regresar a su tierra y en el desarrollo del recorrido lee el manuscrito de Copérnico "las revoluciones orbitales de los astros ", ya que el interés de Comenio a los descubrimientos de la ciencia era grande en esta época dominada por la metafísica escolástica. La revolución astronómica proclamada por Copérnico, en la cual demostraba su teoría heliocéntrica, la cual determinaba como centro de nuestro sistema planetario al sol y no a la tierra, hace deducir por analogía al joven Comenio que el centro del sistema escolar no era el maestro, considerado así en ese entonces, sino el alumno; dando nacimiento al paidocentrismo en pedagogía.